De Innovatieprijs wordt eens per twee jaar uitgereikt aan een team van docenten dat een project heeft ontwikkeld gericht op de verbetering van de onderwijspraktijk of dat innovatieve invulling geeft aan de onderwijsvisie van de VU. Het kan ook gaan om samenwerking tussen docenten, ondersteuners, studenten en maatschappelijke actoren. Het winnende team ontvangt € 50.000,- om de innovatie uit te voeren.